Зміст gc

Відео: Прибирання тераріуму, тест драйв сифона Tetra. #Leonidych

У генетиці, зміст цитозину і гуаніну (часто скорочується як «зміст ГЦ» або «вміст GC», іноді навіть як GC%) - характеристика геному будь-якого даного організму або будь-якого іншого шматка ДНК або РНК. Зазвичай це вміст виражається як відсоток, пропорція GC-пар основ в послідовності ДНК (РНК) молекули або генома, розглядається.

Тут G (або Г) означає гіанін, а C (або Ц) означає цитозин. Решта молекули ДНК складається з основ A (аденін) і T (тимін), таким чином, що в сумі вмісти всіх цих нуклеотидів дають 100%, (наприклад 58% вмісту GC = 42% змісту AT). Пари GC в ДНК з`єднані трьома водневими зв`язками замість двох в парах AT. Це робить пару GC міцною і стійкою до денатурації при високих температкрах, і тому зміст GC прагне бути більше в термофіли.
Зміст GC іноді використовується, щоб класифікувати організм (в таксономії). Наприклад, Actinobacteria характеризується як «бактерія з високим вмістом GC». У Streptomyces coelicolor він становить 72%. Зміст CG дріжджів (Saccharomyces cerevisiae) становить 38%, а в іншого загального модельного організму, резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana) він становить 36%. Через природу генетичного коду, фактично неможливо для організму мати геном з вмістом GC близьким до 0%, або 100%. Видом з надзвичайно низьким вмістом GC є Plasmodium falciparum (GC% = ~ 20%). Такі організми зазвичай називаються багатими AT, а не бідними на GC, і навпаки.

В рамках довгого регіону послідовності генома, гени часто характеризуються іншим змістом GC ніж решта геному. Зокрема, Екзонів звичайно багаті GC, тоді як інтрони звичайно багаті AT. Докладні дослідження виявили певний розподіл багатих і бідних на GC районів ДНК, хоча функція і значення такої варіації неясна.
У PCR-експериментах, температура плавлення наприклад залежить від їх змісту GC, більш високий вміст GC означає більш високу температуру плавлення.
Зміст GC бути виміряний декількома засобами але один з найпростіших методів - вимірювання температури плавлення ДНК за допомогою спектрофотометра. На довжині хвилі 260 нм поглинання гостро збільшується, коли двох-ланцюгову ДНА розпадається на окремі ланцюжки при підвищенні температури. Альтернативно, якщо молекула ДНК або РНК секвентуеться в процесі дослідження, зміст GC може бути точно обчислений простою арифметикою.

Поділися в соц. мережах:

Увага, тільки СЬОГОДНІ!